Markus J. Frey ist in Pratteln, in der Region Basel aufgewachsen. Er studierte Pädagogik und arbeitete als Klassen-, Mathematik- und Musiklehrer an verschiedenen Schulen in der Region Basel, Zürich und Schaffhausen. Parallel dazu studierte er Gesang bei Heidi Wölnerhanssen in Basel/CH (Lehr- und Konzertdiplom SMPV). Bedeutende Impulse erhielt er von Denette Whitter (Deutsche Opern- und Konzertakademie, Nürnberg) und von Rainer Altorfer (ehem. Studienleiter Oper Basel). Er besuchte Meisterkurse bei Kammersängerin Inga Nielsen, Margreet Honig und Frieder Lang. Eine rege Konzerttätigkeit und Operntournee führte ihn durch die Schweiz und ins angrenzende Ausland. 

Bei Prof. Hans-Michael Beuerle, Dr. Beat Raaflaub und Josef Zaugg bildete er sich in Chor- und Orchesterleitung aus. An der Zürcher Hochschule der Künste belegte er 2 Semester Chorleitung bei Ernst Buscagne und Markus Utz. Markus J. Frey leitet den Kirchenchor Berikon, den Kirchenchor Weiningen, das Frauen-Ensemble Brugg und den Chor Seltisberg. 

Markus J. Frey ist Geschäftsstellenleiter beim Schweizerischen Kirchengesangsbund (SKGB). Zudem ist er Mitglied des Aargauer Kuratoriums (Vizepräsident, Vorsitz Klassik, Mitglied Jazz und Rock/Pop und Theater und Tanz), führt in der Brugger Altstadt einen Geschenkeladen und leitet zusammen mit Thomas Bodmer die kulturellen und sozialen Veranstaltungen im Schloss zum Einhorn, Hettenschwil (Kulturverein zum Einhorn).